В 1942, 1944 и 1949 годах греки советского Черноморского побережья (Краснодарского края — где большинство из них проживало компактно), Кавказа и Закавказья были высланы в Сибирь и казахстанские степи. Их везли в товарных вагонах, предварительно передав все их имущество населению, не попадавшему «под постановление». Во время «доставки» их на места, люди умирали от различных заболеваний. Водой и пищей их не обеспечили. Воду пили во время стоянок из разных водоёмов, которые зачастую были болота и практически лужи. Особенно заражались дети. Под «постановление Государственного Комитета Обороны» попали в тот раз не только греки, но также болгары и армяне.
В Постановлении ГОКО № 5984сс от 2 июня 1944 года говорилось:
«Обязать НКВД СССР (тов. Берия) дополнительно к выселению по постановлению ГОКО № 5859сс от 11.V.1944 года крымских татар выселить с территории Крымской АССР 37 000 человек немецких пособников из числа болгар, греков и армян».
По некоторым оценкам количество греков, насильно переселённых в Казахстан, Урал, Сибирь и другие регионы — от 60 до 80 тысяч человек. В 1956 году многие из них вернулись обратно. В 80-е годы наблюдалась тенденция к реэмиграции на историческую родину (особенно из стран Закавказья).